Die Geschichte Cuencas (Ecuador) beginnt mit der Übernahme des Inkareiches durch Tupac Yupanqui von seinem Vater, dem Inka Pachacutec, welcher zwischen 1471 und 1493 regierte. Nachdem sein Vater in Chinchero bei Cuzco (Perú) im Valle Sagrado, dem Heiligen Tal, starb, wurde Tuoac Yupanqui der zehnte Inka des Imperiums. Er kämpfte gegen die Kañaris, die sich südöstlich von Guayaquil (Ecuador) in der Flussregion des Tomebamba aufhielten. Mit seiner starken Armee, die fast 200.000 Mann zählte, erweiterte Tupac Yupanqui das Reich und schloss eine weitere Lücke auf der Karte, denn bis dahin endete das Tahuantinsuyo (Inkareich) im Norden im heutigen Grenzgebiet zu Venezuela und Brasilien.

Mehrere Jahre lang blieb Tupac Yupanqui in der Region des Tomebamba Flusses, da sie nicht allzu weit von der in Quito (Ecuador) angesiedelten Regierungsverwaltung war und das fast karibische Klima ein ideales Urlaubsgebiet für die obere Klasse darstellte. Er ließ die Stadt Tomebamba ausbauen und kurz nachdem sein Sohn Huayna Capac geboren wurde, folgte der Bau weiterer Paläste und Tempel. Dies war der Ursprung von Cuenca. Noch heute kann man am Rande der Stadt die alten Terrassen besichtigen , die damals den Inka als ausgeklügelte Anbauflächen dienten. Nach der Regierungszeit von Huayna Capac übernahm wiederum dessen Sohn die Macht: Huascar. Nach dem Tod von Huayna Capac im Jahre 1525 kommt es zwischen Huascar und seinem Bruder Atahualpa zu einem Streit um den Trhon. Es entfacht ein Bürgerkrieg. Schießlich gelingt es Atahualpa seinen Bruder Huascar zu stürzen. En Großteil der Stadt Tomebamba wird zerstört, was Atahualpa später bereute, war sie doch die Geburtstagsstadt seines Vaters.

Wenige Jahre danach kamen die Spanier und mit der Festnahme Atahualpas begann eine entsetzliche Besetzungszeit. Die Widerstandsgruppen in der Region gaben ihren Kampf auf und die Spanier erbauten auf der wiederum in Trümmern liegenden Stadt die koloniale Stadt Cuenca. Dazu verwendeten sie die kunstvoll gemeißelten Steine der Inka-Tempel. Tomebamba verlor damit einen Teil seiner Vergangenheit und der Geschichte des Inkareiches. Erst im Jahre 1981 berücksichtigte die Zentralbank Ecuadors (Banco Central del Ecuador) den archäologischen Reichtum Cuencas und der dortigen Umgebung. Das Bankinstitut investierte viel Geld in die Forschung und begann mit dem Projekt „Wiedergewinnung der Inka Stadt Pumapungo“. In 2003 wurde der „Parque Arqueológico Pumapungo“ eröffnet, welcher unter anderem eine ethnobotanische Ausstellung beherbergt.

Zu besichtigen sind außer den Agrarterrassen auch ein Tempel (Korikancha) und ein Tunnel, von dem die Inka glaubten, daß er von Toten und Geistern (auf Quechua-die offizielle Inkasprache- Wacos genannt) besiedelt sei, denn sie glaubten an das unterirdische Leben. Des weiteren ist ein offener Zuflusskanal zu besichtigen, der zu Bewässerung der damaligen Anbauflächen diente. Badebecken für die Seelenreinigung sind ebenfalls zu erkunden.